Приказом Генерального прокурора в ознаменование 25 годовщины создания Военной прокуратуры военный прокурор А.Н. Агрба, его заместитель Р.Б. Тарба, а также старшие помощники А.А. Вардания, А.С. Адлейба были награждены нагрудным знаком «За безупречную службу в органах прокуратуры Республики Абхазия». Кроме того почетными грамотами Генерального прокурора награждены следователи С.Р. Малия, И.А. Анкваб, Б.М. Квициния , В.Э.Павлова, помощники Военного прокурора А.Р. Тарба, А.К.Инапшба, начальник канцелярии И.А. Хагуш, ревизор С.Д.Гарцкия, секретарь-машинист И.Н.Аршба.
Становление органов Военной прокуратуры происходило в тяжелые военные годы, ситуация требовала быстрого и оперативного реагирования на совершаемые военнослужащими преступлений и других правонарушений. Во время Отечественной войны Народа Абхазии в период 1992-1993 гг. в связи с необходимостью наведения правопорядка и обеспечения неуклонного исполнения законов в Вооруженных Силах Республики Абхазия, Президиумом Верховного Совета РА 1 марта 1993 года была создана при прокуратуре Республики Абхазия – Военная прокуратура.
Поставленные перед Военной прокуратурой РА задачи осуществлялись в тяжелой обстановке, за период войны сотрудниками Военной прокуратуры РА были расследованы тяжкие и особо тяжкие преступления, такие как разбои, убийства, хищения оружия и др.
Сотрудники Военной прокуратуры РА, во время Отечественной войны Народа Абхазии помимо своих функциональных обязанностей принимали активное участие в боевых действиях.
Военную прокуратуру Республики Абхазия с 1993 года возглавляли:1993 – 2002 гг. – Герой Абхазии, генерал-майор юстиции Начач Владимир Эминович;2002 – 2003 гг. – полковник юстиции Хагуш Лев Митович;2003 – 2006 гг. – кавалер Ордена Леона, подполковник юстиции Сагария Святослав Владимирович;2006 – 2015 гг. – Почетный работник прокуратуры РА, генерал-майор юстиции Агумаа Зураб Михайлович
С августа 2015 года по настоящее время Военную прокуратуру возглавляет заместитель Генерального прокурора полковник юстиции Агрба Адгур Нугзарович.
После окончания Отечественной войны Народа Абхазии 1992-1993 гг. коллектив Военной прокуратуры РА принимал активное участие во всех боевых операциях на территории Республики Абхазия: в 1998 г. (т.н. майские события, по уничтожению диверсионно-террористических групп прибывших с территории Республики Грузия), в 2001 г. (боевая операция по пресечению перехода через Республику Абхазия государственной границы с Российской Федерацией террористической банды под руководством Р. Гелаева), в 2008 г. (по освобождению оккупированной территории Верхней части Кодорского ущелья).
В настоящее время юрисдикция Военной прокуратуры РА распространяется на военнослужащих Вооруженных сил, специальных формирований в органах, созданных в соответствии с законами и иными нормативными правовыми актами в министерстве обороны, Службе государственной безопасности, пограничном отряде СГБ, государственной службе охраны, внутренних войсках МВД, государственной миграционной службе, министерстве по чрезвычайным ситуациям и агентстве правительственной связи.